《家庭教师》是一部充满悬疑与反转的都市剧情漫画。故事主角江然是一名拥有超凡洞察力和记忆力的天才青年，但他选择隐姓埋名，以一名普通家庭教师的身份进入上流社会。他所教授的每一个学生，背后都隐藏着一个复杂的家庭秘密——控制欲极强的母亲、失踪的父亲、被家族牺牲的继承人。江然的真正目的并非单纯辅导功课，而是受一个神秘组织所托，调查这些豪门背后盘根错节的利益与谎言。他在教导学生的过程中，用他独特的“逻辑思维训练法”引导学生独立思考，帮助他们挣脱家族的枷锁。同时，他也在一层层逼近真相的中心，而他自己的身世之谜，也与这些豪门有着千丝万缕的联系。
江然决定离开这座城市，但他的最后一堂课，是给所有他教过的学生上的一堂“公开课”。他站在废弃的教室里，通过直播，揭露了所有家族的秘密，并教他的学生们如何面对即将到来的风暴。课程结束，他看着镜头说：“家庭教师的任务结束了，接下来，请你们做自己的老师。”
林家独子林沐沐突然失踪，江然被林家主母紧急召回。他发现林沐沐留下了一堆“莫名其妙”的数学解题草稿。江然通过破解题目的逻辑，发现那其实是林沐沐留下的藏身地图。最终他在城郊的孤儿院找到了沐沐，沐沐哭着说：“我不想回去当傀儡，我只想当个普通人。”江然第一次没有劝他回家，而是陪他在孤儿院待了一整夜。
学生周涵的母亲是一位著名的心理学家，她把女儿当成“实验品”进行各种情感测试，导致周涵情感淡漠。江然在辅导时，故意教周涵写一些“不合逻辑”的作文。周涵的母亲勃然大怒，但周涵却第一次说：“妈妈，我不是你的小白鼠。”江然站在一旁，默默递上一份关于“母子情感障碍”的研究报告。
江然发现学生陈曦的日记本用一种奇怪的密码写成，内容涉及家族的商业机密。他假装无意中提起密码学，激发陈曦的兴趣。陈曦主动教江然如何解密，过程中，江然得知了陈父正在策划一场巨大的金融骗局。江然不动声色地将信息传递了出去，及时阻止了悲剧的发生。
秦欢是众人眼中的完美优等生，但她总是表现出严重的焦虑。江然通过一道简单的逻辑题测试，发现秦欢的答案永远在“迎合标准答案”。他撕了卷子，要求她必须说出自己真正的想法。秦欢崩溃大哭，承认自己伪造了所有成绩，只是为了不让父母失望。江然说：“成绩可以伪造，但人生不行。”
江然的第一个学生是个不爱说话的钢琴天才少年，他只会用琴声表达情绪。江然不懂音乐，但他通过观察少年的节奏和音符，写下了“情绪曲线图”，并精准地指出了少年和父母矛盾的根源——他的父母从未真正听过他弹琴。少年第一次开口说：“我想弹给他们听，但他们总在接电话。”